故事的开头片段，搭配歌曲《未来的主题》做为配乐，交代着太田夫妻搬进位于日本神奈川县横滨市矶子区的新居后的生活：两者适应新生活、收养年幼的腊肠犬、妻子怀孕产下长子、一家人居住的房子完成改装工程，变成截然不同的格局。
主角太田训是个四岁的小男孩，同时是太田夫妻的长子，他的父亲太田是建筑师，母亲太田由美是职业妇女，一家人居住在由父亲亲手设计的房子。小训经常玩着他心爱的电车模型并和他的父母、家中的宠物腊肠犬小悠过着快乐的日子。小训四岁时妹妹“未来”出生，他刚开始对自己要当哥哥感到很高兴，但是在发现父母把注意力都放在妹妹未来的身上时，就对此感到不悦，不但想拿玩具电车来打妹妹，藉以表示不承认自己是未来的哥哥，还不断对父母发脾气结果被斥责一顿。之后母亲由美返回工作岗位，父亲则在家工作并负责家务。小训在发泄完自己的怒气后走到房子的花园，发现花园转变成古老的西式建筑，他在那里遇见自称房子的“王子”的陌生男子，男子哭诉着自己在小训来之后就失去由父母对自己的关注，小训发现男子的身后有尾巴后，这让他发现该名陌生男子其实是小悠。小训在取得男子的尾巴之后变成小悠，并向自己的父母转述小悠的抱怨和心声。
女儿节来临，家里设立好传统人形娃娃，但在节日过去后父母没有把娃娃收好，在小训再次为父母将注意力放在妹妹身上感到不悦时，他故意将一些饼干放在妹妹的脸上，稍后他再次走向房子的花园，发现周围环境变成了一座大型的室内花园，他沿路捡拾地面指向花园深处的饼干，遇见自称未来的女中学生，并透过她右手的胎记确认身份。未来对娃娃没收好感到很担心，向小训解释她听到女儿节的传统中“女儿节娃娃晚收一天，则女儿会晚结婚一年”的传说会让自己晚婚，才会为此回到过去，由于兄妹俩的母亲由美曾经交代兄妹俩的父亲协助收好娃娃、但是后者选择优先处理工作而置之不理，最终未来和小训以及化成人形的小悠一起协力收好娃娃。
当小训的外祖母拜访小训时，母亲由美翻开家族相簿，给小训看自己从结婚成家至小时候的照片，但小训还是乱扔玩具来表达自己的怒气，甚至用蜡笔在图画纸上画出变成恶鬼的母亲宣泄不满。稍后他再次到花园时，周围环境变成了一群阿氏霓虹脂鲤群游的水下世界，小训被中学时期的未来纠正他对待母亲的态度，误认自己不被喜爱而伤心大哭，并被传送到数十年前，他在那里遇见一名小女孩，认出这是他小时候的母亲由美。由美因为自己的外祖母（小训的曾外祖母）拒绝让自己养猫而生气。她和小训玩得不亦乐乎，他们回到家后把家里弄得乱七八糟。结果由美被回到家的母亲(小训的外祖母)给斥责一番。小训回到自己的时代后稍微能够同理母亲的心情，但他还是无法放下对妹妹的心结。
某天，小训得到一辆有辅助轮的自行车当礼物，但他在公园里看到其他孩子骑着没有辅助轮的自行车时要求父亲拆掉辅助轮，虽然有父亲的不断协助，但他还是无法学会骑车。小训怀抱着憋屈的心情，回到家里的花园后进入数十年前的一个农村，他在那里遇见一个修理摩托车维生、右腿不良于行的青年，青年把他带上马匹然后骑马带他一同奔驰，之后则骑上摩托车，小训在青年的指导下克服恐惧。他回到自己的时代后运用这些经验学会骑自行车，之后小训再次翻阅家族相簿期间，在照片里发现青年的身影，经由母亲说明，得知自己遇见的青年，其实是年轻时的曾外祖父。
这天，小训一家人决定出发旅行，小训因为不能穿上自己心爱的黄色裤子而发脾气（因为黄色裤子正在洗而不得不穿蓝色裤子），所以跑去躲起来，在他出来后发现家人都离开。小训在他到花园后找到火车站（矶子站），有一名少年警告他不要搭上火车，但小训不听少年的劝告就搭上通往东京车站的火车。小训对孤身一人感到恐慌之际来到失物招领处，小训为了找到父母必须先跟迷失招领的站务机器人报上他父母的名字，但是小训完全不知道父母的名字。迷失招领的站务机器服务员告知小训，如果没有任何人来接他就会被列车带到孤独之国。小训发现他妹妹未来即将登上通往孤独之国的列车，赶紧把未来给带下来并宣告自己就是未来的哥哥。中学时期的未来把小训带离车站回到他们家花园的树上。这棵树记载整个家族的历史，同时小训也得知车站的少年其实是长大后的自己。在小训阅览这段历史后回到自己的时代后，中学时期的未来向小训道别，他终于放下对妹妹未来的不满的心结，之后小训与他的妹妹未来、宠物狗小悠以及他们的父母出门旅行。
