宽永6年9月24日、在骏府城内,举行了御前试合。御前试合按照惯例是使用木剑的,但是骏河大纳言・德川忠长不顾周围进谏,执意要求剑士们使用真剑比赛。于是,剑士们开始了凄惨的相互残杀。
御前试合当日,独臂的剑士・藤木源之助的面前出现的对手是盲目而跛足的剑士伊良子清玄。当周围的人担心这场比赛的水平时,伊良子做出了奇妙的姿势。他把刀像杖一样刺在地上,并用脚趾夹住刀,身体也向后弯曲,这是通常所见不到的姿势。这两个剑士之间颇有因縁。
七年前的夏天的某一天,伊良子来到被称为“浓尾无双”的岩本虎眼所开的位于挂川的虎眼流的道场,想要挑场子。他虽然用骨子术击败了藤木,却不敌第二个对手,师范牛股権左卫门,而投降并希望能加入虎眼流。
在入门的仪式上,伊良子被带到了精神恍惚的岩本虎眼面前。听到了伊良子希望入门后、虎眼挥刀将伊良子额头上粘的小豆斩成四截、表示准许伊良子入门。之后,牛股・藤木・伊良子这三名弟子被称为虎眼流的“一虎双龙”。
一年后、剑术有了进步的伊良子成了道场最强的剣士,也被看作虎眼流的继承者。虎眼有一个独生女儿三重,被选中作女婿的人就会继承家业。虎眼希望强者作继承人,于是命令藤木和伊良子去杀死他怀恨在心的舟木一伝斎的两个儿子,成功的一方会被选为女婿。藤木使用了虎眼流的“刀流”杀死了哥哥、伊良子也趁弟弟对哥哥被杀感到吃惊的时机杀死了弟弟。
年末,虎眼决定选择掌握了“刀流”的伊良子作女婿。虽然伊良子拥有以虎眼流为立足点,得到更高的地位这样的野心,却被虎眼发现了自己和他的情妇阿郁私通。在处罚之后,虎眼使用奥义“流星”毁了伊良子的双眼,并把伊良子和阿郁赶出了挂川。
三年后,声望如日中天的虎眼流的一名弟子遭到了暗杀,首级也被送到了道场。高级弟子开始捜索犯人,但是不久也被同样的手段杀害。藤木从尸体的样子判断出犯人是伊良子,并发现虎眼流的高级弟子兴津三十郎把情报卖给賎机检校,于是对其加以制裁。接着,虎眼流的人们被叫到賎机检校的住所。
在虎眼他们面前出现的是使用西洋剑术的剑士・夕云。虎眼很容易的击破了夕云,但他们看到了伊良子和阿郁的身影。
数日后,中了计策而被分开的虎眼流众人受到了伊良子派出刺客的暗杀。藤木和牛股各自杀死了刺客,虎眼却在决斗中被创造了超越“流星”的密剑“无明逆流”的伊良子斩杀,浓尾无双・虎眼的传说在此落下了帷幕。