作品以爱情来临前的孤独——“孤悲”来呈现“恋爱”的主题。梅雨时节,以成为鞋匠为目标的高中生秋月孝雄与神秘的女性雪野百香里,在雨中的新宿御苑中相遇。故事以女性留给少年的一段《万叶集》诗句为契机,就此开展。
故事以15岁高中生,秋月孝雄翘课来到新宿御苑内为开端,此时的东京随着入梅而开始进入雨季。喜欢雨季的孝雄为自己规定仅在雨天的上午翘课,他以成为制鞋师为目标,到庭院内来也是思考设计鞋子并画出草图。这一次孝雄在亭子里与神秘的女性雪野百香里邂逅,27岁的她翘班来到庭院内饮酒并配以许多种类的巧克力,有时她也会看书。在雪野注意到孝雄的校服后转身离去,留下了一首让孝雄不解的、出自《万叶集》的短歌。自此以后,雨季早晨的新宿御苑内的那座亭子便成为他们二人短暂交谈的地点,两人逐渐产生超越年龄的情愫。
为了表明对雪野的情意,孝雄开始专心于打工赚钱,并打算制作一双与雪野的脚相同尺寸的鞋。然而,随着雨季的结束,两人之间也逐渐浮现许多阻碍。暑假落幕后,孝雄意外在学校遇到雪野,发现她是校园里任教古文的教师,与此同时雪野因为校园女学生相泽造谣毁谤陷入困境,导致孝雄为了替雪野抱不平而和同校学生爆发肢体冲突。两者再约雨亭相谈期间,天气骤变成暴雨,雪野带着孝雄返回自己居住的公寓稍作歇息,孝雄鼓起勇气向雪野表白,但因为后者特意回避的举动,让按耐不住心绪的孝雄向她喊出内在的心声,终使得雪野不再逃避自己的内心,感谢对方让她拥有再度向前的勇气,紧抱着孝雄放声大哭。
故事近尾声,雪野因为无法再承受校园学生的造谣毁谤,辞去教职离开东京后,返回故乡四国的学校任教。孝雄因为多度翘课造成学业成绩受影响,仍为了成为制鞋师的梦想在课余打工赚钱。最终孝雄于冬季飘雪的日子收到雪野报备近况的来信,再次抵达两人曾经交谈的亭子,留下亲手制作的女鞋,离去之际期盼着未来能和雪野再次相会。
漫画版与小说版结局
由本桥翠作画改编的漫画版、新海诚执笔的小说版、加纳新太著作的小说版,分别对结局做出不同的补充情节:本桥翠作画的漫画版补充雪野与孝雄离别后,摆脱先前的阴霾,穿上孝雄制作的鞋子迎向新生活。新海诚执笔的小说版则补述孝雄与雪野在分开后仍保持联络,孝雄前往意大利学习制鞋,雪野则继续担任教职,4年半后孝雄带着亲自制做赠与雪野的鞋子回国,与雪野在新宿御苑的雨庭重逢。
加纳新太于2017年出版的小说版最终章写道,雪野返回四国爱媛县任教后,孝雄为了前往意大利留学,开始学习意大利语,也不再前往雨庭消磨时间。雪野在问候信中提及自己在家里住一段时间,搬出家里独自租屋,受孝雄的影响开始看料理节目改善料理技巧、自备便当上班,立志未来进入研究所攻读上代文学(上古时代到奈良时代的日本文学)和成为大学教师,期许孝雄每天都充满活力。故事终止在孝雄在东京下起初雪的日子再访雨庭,将亲手制造的女鞋放在雨亭的时刻。