劇情介紹
东京都，高木和佐藤抓到了两个抢劫犯，犯人说出了海盗旗三个字。画面转到了神海岛。毛利小五郎因为抽中了30万日元的奖金，原本想一个人去巴黎玩。但是最后只好带了兰、园子、阿笠博士和少年侦探团一行人来到了这个小岛。 这个小岛有沉入海底的古代遗迹，海底宫殿和300年前确实存在的Anne Boney和Mary Read两个女海贼遗留下来的宝藏的传说。
两个月前有流言说宝藏被找到，引来了大批的游客和寻宝人，毛利也因此没能在酒店定到房间，他们被当地的观光课长岩永带到了经营民宿的美马和男家中。少年侦探团们去参观了当地的博物馆，在博物馆有两件非常珍贵的物品，一把弯刀和一把手枪，是两个女海盗的武器。
少年侦探团在岩永的建议玩寻找宝藏的游戏。另一边兰和园子去潜水，想去看海底宫殿。他们在负责他们这次海底之旅的店中碰到了三个宝藏猎人，分别是松本光次，伊豆山太郎和一个男人。当兰，园子，和当地的导游三人潜入海底的时候看到那个男人被鲨鱼围攻，松本，伊豆虽然极力保护，但是那人还是没能被救活。柯南调查发现那人的潜水衣下面有塑料袋的痕迹，是有人故意将鱼血放在塑料袋里，随着潜的越深，压力变得越大，塑料袋破裂，血的气味引来了鲨鱼群。这次的事件使目暮警官，白鸟，佐藤，高木都来到了这个海岛，通过指纹发现松本是世界上有名的寻宝人，而且身上有很多案子，是一名国际通缉犯。海底有宝藏的传言真实性变得越来越高。
少年侦探团们的寻宝游戏还在继续，博物馆传来两个女海盗的手枪和弯刀被盗的消息。柯南调查时发现两个寻宝人在偷盗物品后遭人狙击。第二天兰和园子被那两个寻宝人劫为人质。台风来临，少年侦探团们的寻宝游戏中的暗号也终于都被解开，柯南发现民宿的主人美马先生曾也是一个寻宝人，在他的帮助下发现寻宝游戏的地图其实是按照真正的寻宝图画的。解开暗号后，柯南得知宝藏应该在附近的赖亲岛的周围海域，但入口太小，只有小孩进得去。柯南在美马的帮助下也去了赖亲岛，去救兰和园子。
园子的胳膊被刻意划伤，帮两个受伤的寻宝人引开鲨鱼，园子陷入鲨鱼群，兰拼命救园子，终于顺利逃离，进入海底宫殿。毛利知道女儿的情况后试图救助，但由于台风，他们只能等待。松本，伊豆，兰，园子终于找到了女海贼所藏的海贼船，但是却没有宝藏，松本和伊豆想杀人灭口，在千钧一发之际，柯南赶到，岩永跟随柯南也来到了海底宫殿，所有的谜题也都揭开。此时地震发生，海底宫殿就要倒塌，柯南利用甲烷引起爆
